杀菌原理是通过热水罐内121℃的杀菌水注入锅内（中和后温度在100-110℃），完全浸泡全部食品，在杀菌软化水不断循环的同时，纯净蒸汽（蒸汽压力0.4-0.6Mpa）直接给锅内的杀菌软化水加热（必要时补充压缩空气），升温迅速（在食品初温25℃左右时，只需要8-15min就能达到121℃），这样既保证了在设定温度下的杀菌，而且不会出现涨袋的现象，能在短的时间内加工出质量好的产品。

全自动双层水浴式杀菌锅为上下两个罐，上面是热力储罐，下面为杀菌锅。当包装食品进入杀菌锅内，预先被加热的杀菌用水从上面储水罐进入下面的杀菌锅内，将整个锅内的食品全部浸泡，然后利用循环泵将杀菌锅内的高温热水有规律的强制性循环流动，从而实现对包装食品杀菌的目的。高温的热水完成杀菌后又被收到上面的储水罐，降温用的凉水直接从外界注入到锅内，用来完成降温过程。

水浴式杀菌锅是通过直接注入蒸汽，使热水罐的水升温到预定温度，然后注入工艺罐，同时使锅内的工艺用水不断循环，并通过水汽混合器循环加热灭菌。从而缩短了杀菌时间，提高工作效率。杀菌的工艺水可循环使用，节省了能源、时间及人力、物力的消耗，降低了生产成本。

冷却过程通过将冷水注入工艺罐与热水混合，然后将热水顶回热水罐来降温。该杀菌锅直接用常温软化水降温，柔和的多阶段杀菌工艺直观可控，升温迅速，降温时快捷，保证了产品能够在短的时间内达到预定的杀菌效果。压缩空气可以在整个的加工处理循环过程中使用。它可以程序化地按照工艺要求，通过自动调节阀门进行加压与减压。